Инвагинационная гіпотеза походження еукаріотів
Крім симбиогенеза існують і інші погляди на походження еукаріотів. Наприклад, инвагинационная гіпотеза. Згідно їй, предком эукариотической клітини був не анаеробний, а аеробний прокаріотів. До такої клітці могли приєднуватися інші прокаріоти. Потім їх геноми об’єднувалися.
Ядро, мітохондрії і пластиды виникли шляхом впячивания і отшнуровывания ділянок клітинної мембрани. В ці структури потрапляла чужорідна ДНК.
Ускладнення геному відбувалося в процесі подальшої еволюції.
Инвагинационная гіпотеза походження еукаріотів добре пояснює наявність подвійної мембрани у органел. Однак вона не пояснює, чому система біосинтезу білка в хлоропластах і мітохондріях схожа з прокариотической, в той час як така в ядерно-цитоплазматическом комплексі має ключові відмінності.