У більшості випадків эукариотические клітини входять до складу багатоклітинних організмів. Проте в природі є чимала кількість одноклітинних еукаріотів, які в структурному відношенні є клітиною, а у фізіологічному — цілим організмом. У свою чергу эукариотические клітини, є частиною многоклеточного організму, не здатні до самостійного існування. Їх прийнято ділити на клітини рослин, тварин і грибів. Кожні з них мають своїми особливостями і мають свої підтипи клітин, що формують різні тканини.

Незважаючи на розмаїтість, всі еукаріоти мають загального предка, імовірно з’явився в процесі симбиогенеза.

У клітинах одноклітинних еукаріотів (найпростіших) є структурні утворення, які виконують на клітинному рівні функції органів. Так у інфузорій є клітинні рот і горло, порошица, травні й скоротливі вакуолі.

У всіх эукариотических клітинах виділяють цитоплазму, відмежовану від зовнішнього середовища мембраною. У цитоплазмі є відмежовані від неї вже своїми мембранами ядро і різні всіх органел клітини. В ядрі знаходиться ядерце, хроматин, ядерний сік. У цитоплазмі присутні численні рибосоми (більш великі, ніж у прокаріотів), різні включення.

Для эукариотических кліток характерна висока впорядкованість внутрішнього вмісту. Така компартментация досягається за рахунок поділу клітини на частини мембранами. Таким чином, у клітці досягається поділ біохімічних процесів. Молекулярний склад мембран, набір речовин та іонів на їх поверхні відрізняється, що обумовлює їх функціональну спеціалізацію.

У цитоплазмі присутні білки-ферменти гліколізу, обміну цукрів, азотистих підстав, амінокислот та ліпідів. З певних білків відбувається збирання мікротрубочок. Цитоплазма виконує об’єднуючу і каркасну функції.

Включення — це відносно непостійні компоненти цитоплазми, які являють собою запаси поживних речовин, гранули секрету (продукти для виведення з клітини), баласт (ряд пігментів).

Органели постійні і виконують життєво важливі функції. Серед них є органели загального значення (мітохондрії, ЕПС, комплекс Гольджи, рибосоми, полисомы, лізосоми, пероксисома, микрофибриллы і мікротрубочки, центриоли клітинного центру, хлоропласти та інші пластиды) і спеціальні у спеціалізувалися клітин (мікроворсинки, вії, синаптичні пухирці та ін).

Эукариотические клітини здатні до ендоцитозу (захоплення поживних речовин цитоплазматичної мембраною).

Клітинна стінка еукаріотів (якщо вона є) іншої хімічної природи у порівнянні з прокариотами. В останніх її основу становить муреин. У рослин — це в основному целюлоза, а у грибів — хітин.

Генетичний матеріал еукаріотів міститься в ядрі і упакований в хромосоми, які являють собою комплекс ДНК і білків (в основному гістонів).