У збірній

У 2009 році Маркос Алонсо дебютував за юнацьку збірну Іспанії. На цьому рівні взяв участь у 4 іграх.

27 березня 2018 року вийшов на заміну наприкінці товариської гри проти збірної Аргентини, таким чином дебютувавши в офіційних іграх за національну збірну Іспанії.