Клубна кар’єра

У 2010 році молодого іспанця запросив англійський «Болтон Уондерерс», в якому Маркос протягом двох сезонів лише зрідка виходив на поле в іграх Прем’єр-ліги. Однак після вильоту «Болтона» в чемпіонат Футбольної Ліги на сезон 2012/13, Маркос Алонсо став основним гравцем. У складі «рисаків» в цілому провів 35 ігор, відзначився п’ятьма голами.

На пропозицію продовжити захищати кольори «Болтона» в травні 2013 року Маркос відмовився. Напередодні сезону 2013/14 іспанець перейшов в італійську «Фіорентину», уклавши з нею трирічний контракт. Відразу стати гравцем основного складу «фіалок» йому не вдалося і, провівши за півроку лише 3 матчі в Серії A, в січні 2014 він повернувся в Англію, де на умовах піврічної оренди грав за «Сандерленд».

Повернення в Англію. Перехід в лондонський «Челсі»: перші клубні трофеї

Повернувшись з оренди влітку 2014 року, іспанський захисник почав більш активно залучатися до складу основної команди «Фіорентини», незважаючи на конкуренцію, на позиції на лівому фланзі з боку капітана команди досвідченого Мануеля Паскуаля.

30 серпня 2016 повернувся в Англію, уклавши контракт з лондонським «Челсі» на п’ять сезонів. Трансфер гравця був оцінений в 24 мільйони фунтів стерлінгів. У складі «Челсі» Алонсо став чемпіоном АПЛ 2016/17, а також володарем Кубка Англії 2017/18. Станом на вересень 2018 року зіграв у складі «Челсі» 66 матчів, став автором чотирнадцяти голів.