Аналізуюче схрещування використовується для з’ясування невідомого генотипу одного з батьків. Генотип може бути невідомий, коли за фенотипом не можна зробити однозначний висновок про породило його генотипі. Наприклад, при повному домінуванні екземпляри з генотипами AA і Aa мають однаковий фенотип.

В якості другого з батьків при аналізує схрещуванні виступає так званий аналізатор – особина з виключно рецесивними алелями з досліджуваних генів. Він утворює гамети тільки одного типу. На тлі рецесивних алелей стають «видимими» алелі першого батька.

При аналізує схрещуванні розщеплення за фенотипом збігається з розщепленням за генотипом, що дозволяє зробити висновок про генотипі досліджуваного батьків.

Наприклад, є особини з домінантним фенотипом і невідомим генотипом: A- (замість знака “-” може бути алель a або A). При схрещуванні з рецесивним примірником aa можливі два випадки:

• Всі гібриди першого покоління (F1) будуть мати домінантний фенотип. У цьому випадку досліджуваний екземпляр мав генотип AA, так як він утворює гамети одного типу – з домінантним аллелем. При поєднанні з рецесивним аллелем аналізатора утворюються тільки генотипи Aa.

• Половина F1 буде мати домінантний ознака, половина – рецесивний. У цьому випадку генотип батька Aa, так як він утворює гамети двох типів в рівних кількостях – з аллелем A і аллелем a. При поєднанні з рецесивним аллелем аналізатора утворюються генотипи Aa і aa, мають різний фенотип.

При дигібридному аналізує схрещуванні найчастіше можна зробити висновок не тільки про генотипі батька, але і про зчепленні генів. Наприклад, є домінантна особина за двома ознаками: A-B-. Її генотип може бути AABB, AaBB, AABb, AaBb.

У разі генотипу AABB всі нащадки від аналізує схрещування будуть мати генотип AaBb і такий же як у досліджуваного батьків фенотип. Зробити висновок про сцепленности генів A і B, тобто локалізації їх в одній хромосомі, не можна.

Генотип AaBB утворює гамети AB і aB в рівних кількостях. При поєднанні з гаметами ab аналізатора утворюються в рівних співвідношеннях генотипи AaBb і aaBb, мають різний фенотип по першому гену, а значить досліджуваний батько був за нього гетерозиготой, в той час як по першому – домінантною гомозиготой. Тут також можна зробити висновок про зчепленні генів.

У разі AABb генотипи F1 будуть AaBb і Aabb. Випадок аналогічний попередньому, за винятком того, що досліджуваний організм був гетерозиготен за другою ознакою.

Якщо ж генотип досліджуваної особини AaBb, то при відсутності зчеплення вона утворює чотири типи гамет AB, aB, Ab, ab в рівних кількостях, що при аналізує схрещуванні дасть чотири генотипу AaBb, aaBb, Aabb, aabb. У всіх чотирьох фенотипом будуть різні і співвідношення між ними буде 1 : 1 : 1 : 1.

Однак, якщо, наприклад, алелі A і B зчеплені між собою в одній хромосомі, а алелі a і b в інший, то утворюються гамети тільки двох типів AB і ab. Половина F1 буде AaBb, друга половина – aabb.

Насправді таке повне зчеплення рідкість. З-за того, що при мейозі протікає кросинговер та гомологічні хромосоми обмінюються ділянками, якийсь відсоток гамет буде містити рекомбінантні хромосоми Ab і aB. Проте їх буде менше, ніж «нормальних». У результаті навіть при зчепленні генів утворюються чотири фенотипу, але їх співвідношення далеко не 1 : 1 : 1 : 1. Генотипів AaBb і aabb буде більше, рекомбінантних Aabb і aaBb – менше.

Зчепленими можуть виявитися алелі A і b, в той час як алель a буде зчеплена з B. У цьому випадку, якщо не враховувати кросинговер, утворюються гамети Ab і aB. Результатом аналізує схрещування будуть генотипи Aabb і aaBb.

З урахуванням кросинговеру цих генотипів буде більше, менше буде AaBb і aabb.

Таким чином, за спостережуваними результатами аналізує схрещування можна зробити висновок про генотипі досліджуваного батьків, а також про наявність певних груп зчеплення генів.