На громадянської службі

В цьому ж році був призначений президентом Українського центру економічних і політичних досліджень, який пізніше став носити ім’я його засновника Разумкова, раптово помер. Інформаційним партнером дослідницької організації став тижневик “Дзеркало тижня”. У ці ж роки Анатолій Гриценко на громадських засадах консультував парламент і уряд країни.

У 2004 році входив у виборчу команду кандидата в президенти України Ющенка, керував інформаційно-аналітичним забезпеченням передвиборної компанії. Був автором програми дій майбутнього глави держави “10 кроків назустріч людям”

На міністерському посту

Міністром оборони Анатолій Гриценко був вперше призначений у 2005 році. Пропрацював на цій посаді близько чотирьох років, у трьох українських урядах. При ньому, вперше за останні роки, фінансування оборони було отримано в повному обсязі, а потім і зросла більш ніж наполовину. Майже на стільки ж зросли показники бойової підготовки. Є активним прихильником вступу країни в НАТО.

У 2007 році підтримав ідею можливості заміни строкової служби в армії грошовою компенсацією. Став першим високопоставленим чиновником, який почав оплачувати послуги службового транспорту. Його неодноразово критикували за мляву боротьбу з корупцією та порушеннями, також звинувачували в нецільовому витрачанні коштів. Треба віддати йому належне – Гриценко Анатолій Степанович так і залишився полковником.