Кар’єра в Manchester City: аргентинець став кращим голеадором в історії клубу

Після турніру Copa América 2011 перейшов до складу «городян», які викупили його за 38 мільйонів фунтів. «Кун» Агуеро став на той момент найдорожчим футболістом Manchester City (раніше рекорд належав бразильця Робіньо – 38 мільйонів євро).

16 серпня в матчі проти Swansea City Агуеро дебютував за «небесно-блакитних». «Манчестер Сіті» здобув перемогу з розгромним рахунком 4:0, а молодий форвард Серхіо Агуеро оформив дубль і віддав ассист на Давіда Сілву.

У травні 2012 року в поєдинку з QPR на 93-й хвилині забив переможний м’яч у сітку і приніс трофей для Manchester City — Кубок АПЛ, який команда не могла виграти з 1968 року.

Сезон 2013/14 Агуеро відкрив голом у ворота клубу Newcastle. Матч закінчився з рахунком 4:0.

22 вересня став автором двох голів у сітку воріт Manchester United. Гра закінчилася з рахунком 4: 1.

1 листопада 2017 забив свій 178-й гол за «Манчестер Сіті» в усіх змаганнях, обійшовши за цим показником Еріка Брука, ставши кращим бомбардиром в історії цього англійського клубу.