Півфінал Кубка Росії

У дебютному сезоні російської Прем’єр-ліги команда посіла дванадцяте місце, зберігши прописку в еліті на наступний сезон. Найвищим досягненням команди став півфінал Кубку Росії в сезоні 2016/17 проти московського «Локомотива» (поразка 1:0). У сезоні 2017/18 «Уфа» посіла шосте місце в чемпіонаті.