Часто користувачі замислюються про те, в яку файлову систему найкраще відформатувати флешку. Зазвичай вибирають ту систему, яка найбільше подобається, проте, все ж є кілька порад. Fat32 працює швидше, але на такий накопичувач можна помістити файл розміром більше 4 гб. У разі використання накопичувача для зберігання маленьких файлів і документів краще буде NTFS. У разі зберігання великих файлів, начебто відео або образів, краще використовувати exFAT. Досліди показали, що у зазначених випадках такі файлові системи справляються найкраще.

Як виняток можна відзначити, що деяка техніка вимагає накопичувачі з певною системою, в цьому випадку все одно доведеться форматувати під ці вимоги. Зазвичай, стара техніка або спеціалізована вимагає fat32, інші ж можуть користуватися файловими системами на розсуд виробника.